Constituye la unidad rectora desde el punto de vista técnico-metodológico y asistencial de la red de Farmacias Comunitarias de su territorio. Podrá disponer de todos los medicamentos aprobados en el Cuadro Básico para uso ambulatorio incluyendo medicamentos controlados por tarjeta, medicamentos destinados a ingreso domiciliario, estupefacientes y sicotrópicos, otro stock específico definidos por el Programa Nacional de Medicamentos así como medicamentos de producción local – dispensarial (formulaciones oficinales, magistrales y fito y apifármacos).
En la FPM también se ubicarán un grupo de medicamentos y otros insumos médicos que por las particularidades que requieren en su control así como la utilización en patologías poco comunes no se distribuirán al resto de las Farmacias Comunitarias. Igualmente dispondrán de un abastecimiento adicional de productos controlados por tarjeta equivalente al 10% de las necesidades previstas de estos medicamentos en el municipio con el objetivo de cubrir déficit, nuevas inscripciones o traslados.
Las FPM han de desarrollar un papel relevante desde el punto de vista de Atención Farmacéutica, Investigación e Información Científico-Técnica, Docencia y Gerencia de los Servicios Farmacéuticos disponiendo de una estructura adecuada para esas funciones.
Las FPM laboran con carácter permanente y deben disponer de dispensario y servicios de mensajería.